正式介入案情之後，曾國藩印證了當初自己的猜測——這件案子果然撲朔迷離——同治九年七月二十六日（一八七○年八月二十二日）卯時，兩江總督馬新貽光臨校場檢閱武員操練。馬新貽饒有興致地觀看武員們的騎射，三個時辰之後，馬新貽自箭道回署，護衛緊緊追隨左右。這時，突見一短衣清兵模樣的人快步走到總督面前，躬身請安。護衛未及攔問，短衣人已從靴筒中拔出短刀，接連向馬新貽猛刺。護衛一下子怔住了，刺客本可以乘亂逃走，但見馬新貽奄奄一息，丟下刀束手就擒。馬新貽由於傷情太重，次日身亡。刺客自稱，他名叫張汶祥，四十六歲，河南汝陽人，曾經是太平軍將領李侍賢的隨從，之所以要殺馬新貽，動機有三點：

在金陵和兩江一帶的很多官員，都可以說是曾國藩的老部下。有些，即使不是當年的湘軍，對於曾國藩，在骨子裡，也是相當尊重的。他們知道大帥在北方過得不開心，所以，自從曾國藩要回金陵的消息傳出後，這些老部下就開始張羅修繕兩江總督府，想讓大帥各方面舒心一點。此次重回金陵，曾國藩可謂是百感交集。對曾國藩來說，他一直喜歡金陵，這座城市氣韻鴻蒙，一看，就是虎踞龍盤之地。尤其是乘船從長江上看過來，最能領略這個地方的蒼勁和雍容。曾國藩到了金陵之後，由於兩江總督府正在修繕，曾國藩暫住在江寧鹽巡道衙門。下車伊始，按說曾國藩最應該緊鑼密鼓的就是馬新貽案了，但令人奇怪的是，曾國藩並沒有對馬新貽的案件持積極態度，相反，案犯張汶祥押在牢中，曾國藩一直沒有抽時間審訊他，有關檔案也封存了起來。一直到一個月後刑部尚書鄭敦謹來到江寧，曾國藩才出面會審這一案件。鄭敦謹也是湖南人，不過他是道光十五年的翰林，算起來，比曾國藩還要早幾年。鄭敦謹在仕途上一直不是太順，在京堂當上刑部主事外放以後，一直調來調去當藩司，雖然頗有政績，卻一直沒有得到提升，到了同治元年，才內調為京堂，升侍郎，升尚書。不過在查案方面，這個頗有資歷的內臣卻有著豐富的經驗，辦案鐵面無私，在朝廷很有名氣。曾國藩之所以在馬新貽案件上表現得磨磨蹭蹭，也許，是他多了一份心眼，畢竟，這是在兩江地盤上發生的案子，得由京師的人親署才行。也許，曾國藩的小心翼翼，正是想避一避自己的嫌疑。

三是馬新貽明令禁止張汶祥私自開「小押」（重利盤剝的典當行）生意，絕了張汶祥的生路，加深了張汶祥對馬新貽的憤恨。新仇舊恨累積在一起，使得張汶祥動了殺心。張汶祥化裝成一名清兵，完成了對馬新貽的刺殺。

這是一個很奇怪的天氣。兩江總督府前的街道，平日裡人總是熙熙攘攘的，現在，行人也變得很少了，也可能是因為陰冷吧，人們都躲在屋裡去挨春寒了。幾個在外急匆匆趕路的人，這會知曉淫雨的厲害了，他們的全身都是濕漉漉的，尤其是頭髮，滴著的水彷彿成晶了。雨是什麼時候下的呢？伸出手，卻感覺不到雨的存在。真是怪事！雨，可以說是雪的屍體吧，跟前些日子的雪比較起來，雨真是陰鷙無比，或者說難以把握。它們哪裡比得上雪呢！雪像天上的精靈，只要它一出現，整個世界彷彿像雀躍舞蹈似的，然後，就是雲破日出——但現在，雪死了，雪的遊魂卻出現了。

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事情平息下來之後，曾國藩終於有時

一是馬新貽在浙江當巡撫時執法不公，導致張汶祥老婆自殺身亡。據張汶祥自己說，他從太平軍回到寧波老家後，發現一個叫吳炳燮的人姘居了自己的老婆，也霸佔了自己的錢財。人財兩空的張汶祥找到時任浙江巡撫的馬新貽，想請他公正斷案，但馬新貽置之不理。張汶祥只好到寧波府告狀，後來，雖然妻子重歸自己，但錢財卻分給了吳炳燮。張汶祥氣急之下，狠狠地打了老婆一頓，老婆一氣之下吞煙自盡。在家破人亡的張汶祥看來，所有的悲劇都是馬新貽造成的。

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二是張汶祥曾經有一些海盜朋友被馬新貽捕殺。這件事也導致了張汶祥決意殺馬新貽復仇。

六月二十八日，在處理完這起亂七八糟的事情之後，曾國藩向朝廷上了《李世忠陳國瑞尋仇構釁據實參奏摺》，陳述了事情的原委，並建議說，這兩個人都是心術相近的垃圾，而李世忠尤為陰狠，這次軟禁陳國瑞，情同擄人勒贖行徑，應照例嚴辦，罪行不赦；但朝廷既已保全於前，這次仍從輕發落。曾國藩建議：將前任江南提督李世忠即行革職，免治其罪，勒令回籍，交地方官嚴加管束，如再出外滋事，一經查實，即行奏明嚴懲；對於記名提督前任浙江處州鎮總兵陳國瑞，則以都司降補，勒令速回湖北原籍，不准再在揚州逗留，以免滋生事端。朝廷同意了曾國藩的意見。

上午，一直在兩江總督府的曾國藩感到心中還是有點堵塞，連呼吸也變得有點困難了。這一段時間，曾國藩的身體一直不太好，不，不是不太好，簡直可以說太差了。尤其是這樣陰濕的天氣，曾國藩甚至不得不張開嘴，像一條上岸的魚一樣，大口大口地呼吸。

自此，似乎案件可以下結論——馬新貽是被尋仇遭殺的，馬新貽在任兩江總督的位置上，得罪了不少人，因此遭到了襲擊。曾國藩和鄭敦謹將此事的前因後果以及處理方案向朝廷進行了報告，但朝廷一直拖延著沒有表明態度，反而一再要求曾國藩與鄭敦謹再細細盤查。因為案件結果遲遲不公佈，民間的傳聞越來越多，甚至有很多傳言把馬新貽的死與桃色事件聯繫起來，說馬新貽跟張汶祥曾經是結拜兄弟，因為馬新貽強佔了張汶祥的妻子，所以導致了情殺。對這一類傳說，曾國藩一開始並沒有在意，中國市井文化就是這樣，總習慣於把一些尋常之事引向傳奇，民間的創造力往往在這些地方得到充分釋放。但不久，曾國藩發現傳聞變得越來越政治化了，馬新貽的死竟然跟湘軍聯繫上了——有一種說法是馬新貽因審理江蘇巡撫丁日昌之子丁慧衡的隨從丁炳毆人致死一案，造成督撫不和，從而招致殺身之禍的。也就是說，是湘軍殺了馬新貽。傳言到了如此地步，曾國藩變得忐忑不安了，他很擔心傳聞背後暗藏某種陰謀，甚至，有某種人在背後操縱……終於，朝廷的批覆下來了，認定張汶祥「聽受海盜指使並挾私怨行刺」，「實無另有主使及知情同謀之人」。有了這樣的定論，曾國藩的一顆心才落了下來。一八七一年四月，張汶祥被凌遲處決，以祭奠馬新貽。

曾國藩當然也清楚朝廷的想法。雖然曾國藩在「天津教案」中所做的一切都是經過慈禧首肯的，甚至有很多，就是慈禧本人的主意。但對於此事所造成的紛爭，朝廷還是習慣找一個替罪羊。這一回的替罪羊，變成了曾國藩。屬羊的曾國藩，這回真成了一頭任人宰割的羊了。從一八七○年六月二十四日曾國藩由保定到天津處理教案，到八月二十八日曾國藩接到朝廷的聖旨——安排他重歸兩江總督之位，只有兩個月。但就是這短短的兩個月，讓曾國藩的一世英名毀於一旦，曾國藩是真切地感受到人生的灰涼無趣了。

曾國藩是一八七○年十二月十二日到達金陵的，在此之前，他在直隸總督的任上。從直隸總督的位置調任到兩江總督，裡面的原委人們都知道，那是因為朝廷對於曾國藩領辦「天津教案」一事的不滿，加上兩江總督馬新貽遇刺身亡，朝廷只好讓更熟悉兩江情況的曾國藩重回金陵，這也許是個不錯的主意。

虛驚一場之後，曾國藩慶幸這一次的麻煩事沒有跟湘軍聯繫在一起。但不久，另外一起突發事件，又讓曾國藩煩透了心思——一八七一年六月一日，兩個曾經的太平天國叛將、朝廷命官李世忠與陳國瑞在揚州火併，先是大打出手，數人喪命，接著，陳國瑞被李世忠也即李昭壽綁架，差一點死掉。這一官場醜聞鬧得沸沸揚揚，讓兩江總督曾國藩很沒面子。提起陳國瑞這個「爛人」，話就長了——這個人真是曾國藩的「老冤家」，他曾三次給曾國藩帶來很大麻煩：第一次，是北上剿捻之時，陳國瑞帶著手下跟劉銘傳的「銘」字營火併，結果讓曾國藩勞神費心處理了很長一段時間；第二次，則跟「天津教案」有關，教案發生那一天，哪有陳國瑞什麼事呢，偏偏這個傢伙路過天津，聽到有人鬧事，不甘寂寞地趕到案發現場，大肆煽風點火。結果英法方面竭力要求給陳國瑞治罪，曾國藩據理力爭，才算保住了陳國瑞。這一次，陳國瑞又是因為與同樣無賴的李世忠的宿怨，被李世忠綁架四天，水米未進。

一八七二年三月二日，初春的金陵城天氣陰霾。從前一天的半夜天始，天氣似乎就變了，先是有點悶熱，然後，那種綿密的春雨說來就來了，而且還是攜帶著霧靄來的。天陰陰地，總像有一層薄霧似的，一點也看不真切，即使是對面之人，也看不清個所以然，只能稍稍地見著一個輪廓。

曾國藩是一八七○年十二月十二日到達金陵的，在此之前，他在直隸總督的任上。從直隸總督的位置調任到兩江總督，裡面的原委人們都知道，那是因為朝廷對於曾國藩領辦「天津教案」一事的不滿，加上兩江總督馬新貽遇刺身亡，朝廷只好讓更熟悉兩江情況的曾國藩重回金陵，這也許是個不錯的主意。